Η σύγχρονη ιστορία των φορέων που έχουν την ευθύνη Διοίκησης και Εκμετάλλευσης του λιμένος της Θεσσαλονίκης ξεκινά το έτος 1904, όταν η νεοσυσταθείσα Γαλλική εταιρία «Société Anonyme Ottomane de Construction et Exploitation du Port de Salonique» αναλαμβάνει την εκμετάλλευση των λιμενικών εγκαταστάσεων που κατασκεύασε για τα επόμενα 40 χρόνια, έως το 1944.

Το 1914 (Νόμος 390/1914, ΦΕΚ 342Α /17-2-1914) η Ελληνική Κυβέρνηση ιδρύει το ΝΠΔΔ με την ονομασία «Ελευθέρα Ζώνη Θεσσαλονίκης», που αναλαμβάνει τη διοίκηση του μεγαλύτερου τμήματος του λιμένος, με κύρια αρμοδιότητα τη φορτοεκφόρωση και μεταφορά εμπορευμάτων υποκειμένων και διαμετακόμισης, με ίδια μέσα και προσωπικό. Η έναρξη λειτουργίας της πραγματοποιείται το έτος 1925.

Το 1923 ιδρύεται η Γιουγκοσλαβική Ελευθέρα Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης, για την εξυπηρέτηση του γιουγκοσλαβικού διαμετακομιστικού εμπορίου, που αναλαμβάνει τη Διοίκηση τμήματος του λιμένα Θεσσαλονίκης (προβλήτα 2 και χερσαίος χώρος όπισθεν αυτής), η οποία άρχισε τη λειτουργία της το 1929 και καταργήθηκε το έτος 1975.

Το 1930 (Νόμος 4463/24-1-1930) ιδρύεται το ΝΠΔΔ «Λιμενικό Ταμείο Θεσσαλονίκης» με σκοπό την κατασκευή νέων και τη συντήρηση των υπαρχουσών εγκαταστάσεων. Το «Λιμενικό Ταμείο Θεσσαλονίκης» εξαγοράζει το δικαίωμα εκμετάλλευσης των εγκαταστάσεων του λιμένος από την «Société Anonyme Ottomane de Construction et Exploitation du Port de Salonique» που έληγε το 1944.

Το 1953 με το Νομοθετικό Διάταγμα 2551/26-8-1953, (ΦΕΚ 229 Α') η Επιτροπεία της Ελευθέρας Ζώνης και το Λιμενικό Ταμείο συγχωνεύτηκαν σε ενιαίο Οργανισμό, το ΝΠΔΔ με την ονομασία «Ελευθέρα Ζώνη και Λιμήν Θεσσαλονίκης».

Το 1970 με το Νομοθετικό Διάταγμα 449/1970, (ΦΕΚ 51 Α') τροποποιούνται και συμπληρώνονται οι αρμοδιότητες του ΝΠΔΔ «Ελευθέρα Ζώνη και Λιμήν Θεσσαλονίκης», το οποίο μετονομάζεται σε «Οργανισμός Λιμένος Θεσσαλονίκης».

Το 1999 (νόμος 2688/99, ΦΕΚ 40Α') το ΝΠΔΔ «Οργανισμός Λιμένος Θεσσαλονίκης» μετατρέπεται σε ανώνυμη εταιρία με την επωνυμία «Οργανισμός Λιμένος Θεσσαλονίκης ΑΕ» και διακριτικό τίτλο «ΟΛΘ ΑΕ».